РФФИ могут закрыть

РНФ декларировал свободу изменять смету, и прочие свободы, а теперь и то нельзя и это нельзя

Все можно. Если бухгалтерия какого-то института не дает изменять смету, то это почти во всех случаях самодеятельность этих бухгалтерий. Смету в РНФ изменять можно, причем делать это можно уже в отчете в уведомительном порядке. Обращайтесь в РНФ. 

в РНФ  правила, что не может начальник быть исполнителем в проекте у подчиненного, так что ректор может быть в проекте у ассистента

1) В последних конкурсах РНФ это правило появилось. 

2) Не факт, что это правило должно работать всегда. Например ситуация: завлаб, внс (завлабы теперь совмещают научные должности с завлабством- по известным причинам) в РФФИ не может быть исполнителем в коллективе гнс (не завлаб) из той же лаборатории. А почему собственно не может с точки зрения науки, а не бюрократии, особенно учитывая тот факт, что завлаб не научный работник, а администратор, а гнс в научной иерархии выше внс? Только потому, что внс завлаб может оказать административное влияние на гнс? А как же принцип презумпции невиновности? 

Аналогов конкурса "а" в РНФ нет

Это мы тоже обсуждали. И к этому конкурсу тоже есть вопросы. Например, из-за мизерности финансирования по этому конкурсу реально очень многие группы набирают таких грантов по 5-10 штук под один проект, примеры когда в одной статье из 3х авторов стоят благодарности на десяток грантов РФФИ, я приводил. В результате львиная доля финансирования уходит в очень ограниченное число научных групп и лишь небольшое число уходит "случайно" в научные группы со слабым, скажем так, лоббированием. 

Даже исходя из этого я и пишу, что "необходимо переформатирование". Мне видится, что необходима гибкая линейка разумных грантов, чтобы закрыть все потребности научных сотрудников и преподавателей. Имеющаяся грантовая система сложилась фактически стихийно, многие функции государственных (!) грантовых фондов слишком сильно дублируются, правила получения грантов в гос фондах слишком сильно отличаются даже по близким типам грантов, многих необходимых конкурсов просто нет (например молодежь в науке после 35-39 лет фактически должна быть выкинута, причем как по грантовым программам, так и по программам создания молодежных лабораторий- непонятно зачем продолжает выдавливаться из науки средний возраст; нет разумных грантов по закупке оборудования; невозможно в рамках любого гранта указать деньги на закупку дорогостоящего оборудование- гранты только под существующую экпериментальную инфраструктуру, которая известно в каком состоянии в большинестве лабораторий), часть конкурсов не работает или работает плохо (например программа мобильности постдоков, которые никуда не едут, а сидят где сидели и лишь числятся в новых организациях).

Ну и вообще, на грантах никакая научная группа развиваться не может, в грантах решаются лишь узкие конкретные научные задачи (особенно с учетом того, что исполнителей в грантах нужно указать ДО начала проекта, то есть нельзя организовать на грантовые деньги конкурс среди молодежи-нельзя новых нанять, а менять исполнителей в том же РФФИ можно лишь через год,- платить "новым" аспирантам из своего кармана?). Необходимо разумное базовое финансирование для "ядра" научных групп (с помещениями, нормальной зарплатой, деньгами на поездки и оборудование). И это, на мой взгляд, самая главная текущая задача для министерства. Решили бы сначала это, потом уж про фонды можно разговаривать. 

Но, монополия, действительно плохо.